表观遗传学

表观遗传学包括改变基因活性而不改变DNA序列的任何过程，并导致可以传递给子细胞的修饰。已经鉴定了许多类型的表观遗传过程 - 它们包括DNA甲基化，组蛋白结构的改变和小的非编码微小RNA的基因调节。

已经鉴定出许多不同的DNA和组蛋白修饰以确定表观遗传景观。 DNA甲基化主要由DNA甲基转移酶（DNMT）介导，有两种已知类型的DNMT，即DNMT1，其保留细胞复制后预先存在的甲基化模式，和DNMT3A / B，即所谓的“从头”DNMT，其中甲基化以前未甲基化的DNA。组蛋白修饰主要包括乙酰化，甲基化，磷酸化和泛素化。组蛋白的乙酰化可以通过组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰转移酶（HDAC）介导，而组蛋白去甲基化通过两类组蛋白去甲基化酶进行：赖氨酸特异性脱甲基酶（LSD）家族蛋白（LSD1和LSD2）和含有组蛋白的JmjC结构域。脱甲基酶（JHDM）。此外，参与表观遗传修饰的酶也可以由miRNA控制。例如，miR-34a可以直接抑制SIRT1的活性以调节胆固醇体内平衡。

累积的证据表明，许多基因，疾病和环境物质是表观遗传学图片的一部分。在FDA，科学家正在研究许多通过表观遗传机制起作用的药物。已经研究了抑制DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的药物用于肿瘤抑制基因的再激活和癌细胞生长的抑制。表观遗传抑制剂也可单独使用或与其他治疗剂组合使用。

参考文献：
[1] Bob Weinhold. Environ Health Perspect. 2006 Mar; 114(3): A160–A167.
[2] Xu W, et al. Genet Epigenet. 2016 Sep 25;8:43-51.
[3] Biswas S, et al. Pharmacol Ther. 2017. doi: 10.1016/j.pharmthera.2017.02.011.
[4] Perri F, et al. Crit Rev Oncol Hematol. 2017 Mar;111:166-172.

PROTAC BRD4 Degrader-21

PROTAC BRD4降解器-21(Comp 74)是BRD4的PROTAC降解器。PROTAC BRD4降解器-21在小鼠荷瘤异种移植物模型中显示出显著的肿瘤生长抑制作用,可用于抗癌研究[1]。

• CAS号：2503036-46-0
• 分子式：C₄₇H₅₄Cl₂N₁₀O₄S
• 分子量：925.97
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

KR-39038

KR-39038是一种口服有效的GRK5(G蛋白偶联受体激酶5)抑制剂,IC50为0.02μM。KR-39038通过抑制新生儿心肌细胞中的HDAC5途径显著抑制血管紧张素II诱导的细胞肥大。KR-39038显示出深刻的抗肥大作用和改善心功能。KR-39038可用于心力衰竭研究[1]。

• CAS号：2770300-35-9
• 分子式：C₂₄H₃₂ClFN₆O
• 分子量：475.00
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Aviculin

Aviculin是一种木脂素糖苷,是一种有效的抗癌剂。Aviculin将MCF-7细胞的代谢活性降低到50%以下,IC50为75.47μM。Aviculin通过内在凋亡途径诱导乳腺癌细胞凋亡。Aviculin增加启动子caspase-9、执行子caspase-7和聚(ADP核糖)聚合酶(PARP)的表达。Aviculin显示Bax/Bcl-2比率增加[1]。

• CAS号：156765-33-2
• 分子式：C₂₆H₃₄O₁₀
• 分子量：506.54
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

CeMMEC2

CeMMEC2是一种新型有效的BRD4抑制剂,IC50为0.9 uM,与BRD4的两个溴结构域结合,与(S)-JQ1相当。

• CAS号：902955-25-3
• 分子式：C₁₄H₁₉N₅
• 分子量：257.334
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

BRM/BRG1 ATP Inhibitor-3

BRM/BRG1 ATP抑制剂-3是一种BRG1/BRM抑制剂。BRM/BRG1 ATP抑制剂-3分别以10.4nM和19.3nM的IC50值抑制BRM和BRG1。BRM/BRG1 ATP抑制剂-3可用于癌症和BAF复合物相关疾病的研究[1]。

• CAS号：2368901-31-7
• 分子式：C₂₆H₂₅N₅O₂S₂
• 分子量：503.64
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PROTAC BRD4-binding moiety 1

PROTAC BRD4-binding moiety 1 是 BRD4 的配体。PROTAC BRD4-binding moiety 1 通过 linker 结合到 cereblon 配体上形成 PROTAC 以降解 BRD4 (HY-133136)。

• CAS号：2101200-10-4
• 分子式：C₂₃H₂₁N₃O₂
• 分子量：371.43
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

EX229

EX229 是一个苯并咪唑的衍生物,是 AMP 活化蛋白激酶 (AMPK) 的有效变构激动剂,其对 α1β1γ1、α2β1γ1 和 α1β2γ1 的 Kd 值分别为 0.06 μM、0.06 μM 和 0.51 μM。

• CAS号：1219739-36-2
• 分子式：C₂₄H₁₈ClN₃O₃
• 分子量：431.87
• 类别：AMPK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

EcoRI 甲基转移酶

EcoRI Methyltransferase 是一种细菌序列特异性 S-腺苷-L-甲硫氨酸依赖性 DNA 甲基转移酶。EcoRI Methyltransferase 依靠复杂的构象机制来实现其卓越的特异性,包括 DNA 弯曲、碱基翻转和插入 DNA。

• CAS号：81458-00-6
• 分子式：
• 分子量：
• 类别：DNA甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

RTS-V5

RTS-V5是HDAC/蛋白酶体的抑制剂,对HDAC1,HDAC2,HDAC3,HDAC6,HDAC8的IC50分别为6.9,18,15,0.27,0.53 μM。

• CAS号：2285346-31-6
• 分子式：C₂₇H₃₅N₅O₆
• 分子量：525.60
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

SMYD2-IN-1

SMYD2-IN-1 是一种有效的 SMYD2 抑制剂,IC50 为 4.45 nM,详细信息请参考专利文献 WO2016166186A1 中的化合物 Example 1.1。

• CAS号：2023788-96-5
• 分子式：C₂₅H₂₅Cl₂F₂N₇O₂
• 分子量：564.41
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

ZL0580

ZL0580 是ZL0590 的结构类似物,通过选择性的结合到 BD1 的 BRD4 结构域来诱导 HIV 的表观抑制。ZL0580通过抑制 Tat 转录激活和转录延长以及在 HIV 启动子上诱导抑制染色质结构来诱导 HIV 的抑制。

• CAS号：2377151-10-3
• 分子式：C₂₅H₂₃F₃N₄O₄S
• 分子量：532.53
• 类别：HIV

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Momelotinib-3,3,5,5-d4

莫梅洛替尼-3,3,5,5-d4(CYT387-3,3,1,5,4-d4)是氘标记的莫梅洛替尼(HY-10961)。莫莫替尼对JAK1/JAK2具有抑制活性[1][2]。

• CAS号：1619927-66-0
• 分子式：C₂₃H₁₈D₄N₆O₂
• 分子量：418.48
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

CPI-203

CPI-203 是一种有效的,选择性的,细胞通透的 BET bromodomain 抑制剂,抑制 BRD4,IC50 值约为 37 nM。

• CAS号：1446144-04-2
• 分子式：C₁₉H₁₈ClN₅OS
• 分子量：399.897
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：1.5±0.1 g/cm3
• 沸点：690.5±65.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：371.4±34.3 °C

DOT1L-IN-2

Dot1L-IN-2 是一种有效的,选择性的,可口服的 Dot1L (一种 histone methyltransferase),IC50 值和 Ki 值分别为 0.4 nM 和 0.08 nM。

• CAS号：1940206-71-2
• 分子式：C₂₇H₂₄N₈O
• 分子量：476.53
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

4'-溴-白藜芦醇

4’-溴白藜芦醇是一种有效的双重抑制剂Sirtuin-1和Sirtuin-3。4'-溴白藜芦醇通过线粒体代谢重编程抑制黑色素瘤细胞生长。4’-溴-白藜芦醇通过代谢重编程并影响细胞周期和凋亡信号传导,在黑色素瘤细胞中发挥抗增殖作用【1】。

• CAS号：1224713-90-9
• 分子式：C₁₄H₁₁BrO₂
• 分子量：291.14000
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Protein Kinase C β Peptide

蛋白激酶C(β)肽是蛋白激酶Cβ的肽片段。蛋白激酶Cβ与高血糖降低内皮源性一氧化氮有关。蛋白激酶Cβ的抑制可防止急性高血糖引起的内皮依赖性血管舒张的减少[1]。

• CAS号：309247-50-5
• 分子式：C₈₄H₁₃₆N₂₂O₃₀S
• 分子量：1966.18
• 类别：PKC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

6-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氧基)-N-(4-(6-甲基-1,2,4,5-四嗪-3-基)苄基)己酰胺

Tz沙利度胺是一种四嗪标记的沙利度胺(HY-14658)(E3连接酶的配体)。Tz沙利度胺对BRD4具有结合亲和力,IC50分别为46.25μM(BRD4-1)和62.55μM(BRD4-2)[1]。

• CAS号：2087490-42-2
• 分子式：C₂₉H₂₉N₇O₆
• 分子量：571.58
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Miravirsen

Miravirsen(SPC-3649),一种β-d-氧锁核酸修饰的硫代磷酸反义寡核苷酸,抑制miR-122的生物发生。Miravirsen(SPC-3649)用于研究HCV感染[1]。

• CAS号：1072874-90-8
• 分子式：
• 分子量：
• 类别：微RNA

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

(-)-曲古柳菌素A

(S)-Trichostatin A ((S)-TSA) 是一种 HDAC6 选择性抑制剂,对斑马鱼 HDAC6 和人 HDAC6 的 IC50 值分别为 9.88 nM和 11.1 nM。(S)-Trichostatin A 弱抑制其他人 HDAC。

• CAS号：122292-85-7
• 分子式：C₁₇H₂₂N₂O₃
• 分子量：302.36800
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

BRD4抑制剂-10

BRD4 Inhibitor-10 是一种有效的 BRD4-BD1 抑制剂,IC50 为 8 nM。详细信息请参考专利文献 WO2015022332A1 中 的化合物 II-25。

• CAS号：1660117-38-3
• 分子式：C₂₅H₂₇N₅O₂
• 分子量：429.51
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

N-(4-氯-3-(三氟甲基)苯基)-2-乙氧基苯甲酰胺

CTB(霍乱毒素B亚单位)是一种有效的p300组蛋白乙酰转移酶激活剂[1]。CTB能有效诱导MCF-7细胞凋亡[2]。

• CAS号：451491-47-7
• 分子式：C₁₆H₁₃ClF₃NO₂
• 分子量：343.73
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Amde-1

AMDE-1是一种有效的自噬诱导剂。AMDE-1通过AMPK-mTORC1-ULK1途径诱导自噬,同时通过引起溶酶体功能障碍抑制自噬介导的降解。AMDE-1可用于癌症的研究[1]。

• CAS号：478043-30-0
• 分子式：C₁₈H₈ClF₆N₃
• 分子量：415.72
• 类别：自噬

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Remlarsen

Remlarsen(MRG-201),一种miR-29b模拟物,作为miR-29b激动剂。Remlarsen具有预防纤维化瘢痕或皮肤纤维化形成的潜力[1]。

• CAS号：1848266-71-6
• 分子式：
• 分子量：
• 类别：微RNA

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

灵芝酸D

Ganoderic acid D 是一种高度氧化的四环三萜类化合物 (tetracyclic triterpenoid),是灵芝 (Ganoderma lucidum) 的主要活性成分。Ganoderic acid D 上调 SIRT3 的蛋白质表达并通过 SIRT3 诱导脱乙酰化的亲环蛋白 D (CypD)。Ganoderic acid D 抑制结肠癌细胞的能量重编程,包括结肠癌细胞中的葡萄糖摄取,乳酸产生,丙酮酸和乙酰辅酶的产生。Ganoderic acid D 可抑制多种癌细胞系的生长,抑制 HeLa 人宫颈癌细胞的 IC50 为 17.3 mM.

• CAS号：108340-60-9
• 分子式：C₃₀H₄₂O₇
• 分子量：514.650
• 类别：抗衰老酶

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：688.3±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：384.1±28.0 °C

TTK21

TTK21(CBP-p300激活剂TTK21)是CBP/p300组蛋白乙酰转移酶活性的小分子激活剂,在275μM浓度下具有最大作用；在体外诱导组蛋白H3和H4的乙酰化但不诱导H2B和H2A的乙酰化；促进神经发生和延长成年小鼠的记忆持续时间,促进感觉的再生和发芽运动轴突,以及脊髓损伤的小鼠和大鼠模型中感觉和运动功能的恢复。

• CAS号：709676-56-2
• 分子式：C₁₇H₁₅ClF₃NO₂
• 分子量：357.755
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：369.8±42.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：177.4±27.9 °C

OSS_128167

OSS_128167 是一个选择性 SIRT6 抑制剂,对于 SIRT6,SIRT1 和 SIRT2 的 IC50 值分别为 89,1578 和 751 μM。

• CAS号：887686-02-4
• 分子式：C₁₉H₁₄N₂O₆
• 分子量：366.32
• 类别：抗衰老酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

[4-[2-(1H-吲唑-3-基)乙烯基]苯基]-1-哌嗪基甲酮

KW-2449是多靶点激酶抑制剂,对FLT3,ABL,ABLT315I和 Aurora kinase 的 IC50 值分别为6.6,14,4 和 48 nM.

• CAS号：1000669-72-6
• 分子式：C₂₀H₂₀N₄O
• 分子量：332.399
• 类别：极光激酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：604.1±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：319.1±31.5 °C

Bizine

联苯嗪是一种苯乙嗪类似物,是一种有效的选择性LSD1抑制剂,b>Ki为59 nM。Bizine可以调节癌细胞中的大量组蛋白甲基化。Bizine具有神经保护作用[1]。

• CAS号：1591932-50-1
• 分子式：C₁₈H₂₅Cl₂N₃O
• 分子量：370.317
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

6,6'-(1,3-亚脲基)双(1-萘酚-3-磺酸钠)

AMI-1是一种有效的细胞渗透性的蛋白精氨酸N-甲基转移酶 (PRMTs) 抑制, 抑制人PRMT1 (IC50 =8.8μM) 和酵母Hmt1p (IC50 =3.0μm) 。

• CAS号：20324-87-2
• 分子式：C₂₁H₁₄N₂Na₂O₉S₂
• 分子量：548.453
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

竹红菌甲素

Hypocrellin A,一种天然的 PKC 抑制剂,具有许多生物学和药理学特性,如抗肿瘤、抗病毒、抗菌和抗利尿活性。Hypocrellin A 是一种很有前途的抗癌光动力疗法 (PDT) 光敏剂。

• CAS号：77029-83-5
• 分子式：C₃₀H₂₆O₁₀
• 分子量：546.521
• 类别：PKC

• 密度：1.6±0.1 g/cm3
• 沸点：894.0±65.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：245-250ºC
• 闪点：299.6±27.8 °C