表观遗传学

表观遗传学包括改变基因活性而不改变DNA序列的任何过程，并导致可以传递给子细胞的修饰。已经鉴定了许多类型的表观遗传过程 - 它们包括DNA甲基化，组蛋白结构的改变和小的非编码微小RNA的基因调节。

已经鉴定出许多不同的DNA和组蛋白修饰以确定表观遗传景观。 DNA甲基化主要由DNA甲基转移酶（DNMT）介导，有两种已知类型的DNMT，即DNMT1，其保留细胞复制后预先存在的甲基化模式，和DNMT3A / B，即所谓的“从头”DNMT，其中甲基化以前未甲基化的DNA。组蛋白修饰主要包括乙酰化，甲基化，磷酸化和泛素化。组蛋白的乙酰化可以通过组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白去乙酰转移酶（HDAC）介导，而组蛋白去甲基化通过两类组蛋白去甲基化酶进行：赖氨酸特异性脱甲基酶（LSD）家族蛋白（LSD1和LSD2）和含有组蛋白的JmjC结构域。脱甲基酶（JHDM）。此外，参与表观遗传修饰的酶也可以由miRNA控制。例如，miR-34a可以直接抑制SIRT1的活性以调节胆固醇体内平衡。

累积的证据表明，许多基因，疾病和环境物质是表观遗传学图片的一部分。在FDA，科学家正在研究许多通过表观遗传机制起作用的药物。已经研究了抑制DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的药物用于肿瘤抑制基因的再激活和癌细胞生长的抑制。表观遗传抑制剂也可单独使用或与其他治疗剂组合使用。

参考文献：
[1] Bob Weinhold. Environ Health Perspect. 2006 Mar; 114(3): A160–A167.
[2] Xu W, et al. Genet Epigenet. 2016 Sep 25;8:43-51.
[3] Biswas S, et al. Pharmacol Ther. 2017. doi: 10.1016/j.pharmthera.2017.02.011.
[4] Perri F, et al. Crit Rev Oncol Hematol. 2017 Mar;111:166-172.

BBDDL2059

BBDDL2059是组蛋白甲基转移酶EZH2的选择性共价抑制剂,EZH2-Y641F的IC50为1.5 nM。BBDDL2059在纳摩尔浓度下抑制淋巴瘤细胞生长,可用于抗癌研究[1]。

• CAS号：2691174-27-1
• 分子式：C₂₇H₃₆N₄O₄S
• 分子量：512.66
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

5-[3-(乙基磺酰基)苯基]-3,8-二甲基-N-(1-甲基-4-哌啶基)-9H-吡啶并[2,3-b]吲哚-7-羧酰胺

TAK-901是多靶点的的极光激酶 (aurora)抑制剂,对极光激酶A和B的IC50 值分别为21 和15 nM。

• CAS号：934541-31-8
• 分子式：C₂₈H₃₂N₄O₃S
• 分子量：504.644
• 类别：极光激酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：761.7±60.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：414.5±32.9 °C

FM-479

FM-479 为 FM-381 (HY-102046) 阴性对照 (negative control),对 JAK3 或其他激酶无活性。FM-381 是一个有效的共价可逆抑制剂JAK3 靶向独特的 Cys909。对于 JAK3, FM-381 具有IC50 为 127 pM 的选择性,分别比 JAK1、JAK2 和 TYK2 有 410 倍、2700 倍和 3600 倍选择性。

• CAS号：2226521-64-6
• 分子式：C₂₅H₂₆N₆O₂
• 分子量：442.51
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

SID 3712249

SID3712249 (MIR-544 Inhibitor 1) 是微小RNA-544 (miR-544) 的生物合成抑制剂。

• CAS号：522606-67-3
• 分子式：C₁₇H₂₁N₇
• 分子量：323.396
• 类别：微RNA

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：669.0±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：358.4±31.5 °C

7-甲氧基异黄酮

7-Methoxyisoflavone 是异黄酮衍生物,也是腺苷一磷酸激活的蛋白激酶 (AMPK) 的激活剂。

• CAS号：1621-56-3
• 分子式：C₁₆H₁₂O₃
• 分子量：252.26500
• 类别：AMPK

• 密度：1.24g/cm3
• 沸点：421.2ºC at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：200.3ºC

Barasertib-HQPA

AZD1152-HQPA 是一种高度选择性的 Aurora B 抑制剂,IC50 值为 0.37 nM,对 Aurora B 的选择性是 Aurora A 的 3700 倍。

• CAS号：722544-51-6
• 分子式：C₂₆H₃₀FN₇O₃
• 分子量：507.560
• 类别：极光激酶

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：796.7±60.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：435.6±32.9 °C

(外消旋)-BAY1238097

(rac)-BAY1238097 是一种 BET 抑制剂,对 BRD4 的 IC50 值为 1.02 μM。用于癌症研究。

• CAS号：1564268-19-4
• 分子式：C₂₅H₃₃N₅O₃
• 分子量：451.56
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PF-04577806

PF-04577806是一种有效、选择性和ATP竞争性PKC抑制剂。PF-04577806对PKCα、PKCβI、PKCβII、PKCγ和PKCθ具有较强的抑制活性,其IC50s分别为2.4nm、8.1nm、6.9nm、45.9nm和29.5nm。PF-04577806可逆转糖尿病大鼠视网膜血管渗漏[1]。

• CAS号：1072100-81-2
• 分子式：C₂₆H₃₇N₇O₃
• 分子量：495.62
• 类别：PKC

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：613.4±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：324.8±31.5 °C

TNG908

TNG908是一种MTAP协同PRMT5抑制剂,可穿过血脑屏障。TNG908对MTAP阴性细胞系的选择性是MTAPWT细胞系的15倍,可以用于癌症研究[1]。

• CAS号：2760481-53-4
• 分子式：C₂₁H₂₃N₅O₂S
• 分子量：409.50
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

6-异丙基-7-氧代-5-苯基-4,7-二氢吡唑并[1,5-A]嘧啶-3-腈

CPI-455 是一种有效的特异性 KDM5 抑制剂。

• CAS号：1628208-23-0
• 分子式：C₁₆H₁₄N₄O
• 分子量：278.309
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：488.7±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：249.3±31.5 °C

SGI-1027

SGI-1027 是 DNA 甲基转移酶 (DNMT) 抑制剂,对以 poly(dI-dC) 为底物的 DNMT3B,DNMT3A 和 DNMT1 的 IC50 值分别为 7.5 μM,8 μM 和 12.5 μM。

• CAS号：1020149-73-8
• 分子式：C₂₇H₂₃N₇O
• 分子量：461.518
• 类别：DNA甲基转移酶

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：>280℃
• 闪点：N/A

JAK3i

JAK3i是一种选择性共价JAK3激酶抑制剂,IC50为0.43 nM,对JAK1,JAK2或TYK2中密切相关的激酶结构域显示出高选择性(>3000倍),显示1300倍,600倍和50倍分别超过EGFR,ITK和BTK。

• CAS号：1918238-72-8
• 分子式：C₁₈H₁₅FN₄O₃
• 分子量：354.34
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

茶碱一水合物

茶碱(1,3-二甲基黄嘌呤)一水合物是一种有效的磷酸二酯酶(PDE)抑制剂、腺苷受体拮抗剂和组蛋白去乙酰化酶(HDAC)激活剂。茶碱(1,3-二甲基黄嘌呤)一水合物抑制PDE3活性以松弛气道平滑肌。茶碱(1,3-二甲基黄嘌呤)一水合物通过增加IL-10和抑制NF-κB进入细胞核而具有抗炎活性。茶碱(1,3-二甲基黄嘌呤)一水合物诱导细胞凋亡。茶碱(1,3-二甲基黄嘌呤)一水合物可用于哮喘和慢性阻塞性肺疾病(COPD)研究[1][2][3][4][5]。

• CAS号：5967-84-0
• 分子式：C₇H₁₀N₄O₃
• 分子量：198.17900
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：454.1ºC at 760 mmHg
• 熔点：270-274°C
• 闪点：N/A

Vafidemstat

Vafidemstat 是一种双重的赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶 (LSD1)/MAO-B 抑制剂。

• CAS号：1357362-02-7
• 分子式：C₁₉H₂₀N₄O₂
• 分子量：336.39
• 类别：组蛋白去甲基化酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PU-141

PU-141是一种有效的选择性CBP/p300抑制剂,可抑制SK-N-SH细胞生长,GI50为0.48 uM；阻断小鼠SK-N-SH神经母细胞瘤异种移植物的生长,也可降低体内组蛋白赖氨酸乙酰化的浓度。阻止肿瘤异种移植物生长。

• CAS号：168334-34-7
• 分子式：C₁₄H₉F₃N₂OS
• 分子量：310.294
• 类别：组蛋白乙酰转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Filgotinib maleate

非戈替尼(马来酸)是一种选择性的口服活性JAK1抑制剂,对JAK1、JAK2、JAK3和TYK2的IC50分别为10nM、28nM、810nM和116nM。非戈替尼(马来酸)可用于类风湿性关节炎(RA)和克罗恩病研究[1][2]。

• CAS号：1802998-75-9
• 分子式：C₂₅H₂₇N₅O₇S
• 分子量：541.58
• 类别：JAK

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

DPP

DPP 是一种铂 (IV) 络合物,带有紫檀芪衍生的轴向配体。DPP 抑制乳腺癌 (BC) 细胞中的 JAK2-STAT3 通路,具有抗增殖活性,并激活 caspase-3 和裂解聚 ADP-核糖聚合酶以诱导细胞凋亡 (apoptosis)。DPP 促进树突状细胞的成熟和抗原呈递,并表现出体内安全性。

• CAS号：2668267-47-6
• 分子式：C₃₆H₄₀Cl₂N₂O₁₀Pt
• 分子量：926.70
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

TYA-018

TYA-018是一种口服活性、强效和高选择性的HDAC6抑制剂。TYA-018具有保护小鼠心功能的作用。TYA-018还通过增加与脂肪酸代谢、蛋白质代谢和氧化磷酸化相关的靶点的表达来增强小鼠的能量学[1]。

• CAS号：2653254-31-8
• 分子式：C₁₅H₁₃ClF₂N₄O₃S₂
• 分子量：434.87
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

奥拉替尼

Oclacitinib 是一种新型 JAK 抑制剂。Oclacitinib 抑制 JAK1 最有效,IC50 为 10 nM。

• CAS号：1208319-26-9
• 分子式：C₁₅H₂₃N₅O₂S
• 分子量：337.440
• 类别：JAK

• 密度：1.3±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

GSK3368715

GSK3368715 (EPZ019997) 是具有口服活性的,可逆的,SAM 非竞争性 I 型蛋白精氨酸甲基转移酶 (PRMTs) 抑制剂 (IC50=3.1 nM (PRMT1), 48 nM (PRMT3), 1148 nM (PRMT4), 5.7 nM (PRMT6), 1.7 nM (PRMT8))。GSK3368715 (EPZ019997) 导致精氨酸甲基化状态的转变,改变了外显子的使用,具有很强的抗癌活性。

• CAS号：1629013-22-4
• 分子式：C₂₀H₃₈N₄O₂
• 分子量：366.54
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

HDAC-IN-63

HDAC-IN-63 (Compound 63) 是一种双重 FLT3/HDAC 抑制剂 (IC50: 对 FLT3 和 HDAC1 分别为 0.844 和 30.0 nM)。HDAC-IN-63 抑制 MV4-11 细胞增殖 (IC50: 92 nM。HDAC-IN-63在 MV4-11 细胞中诱导细胞凋亡 (apoptosis) 并阻滞细胞周期。HDAC-IN-63 可用于急性髓系白血病 (AML) 的研究。

• CAS号：2920046-95-1
• 分子式：C₂₅H₂₆Cl₂N₆O₃
• 分子量：529.42
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

白藜芦醇

Resveratrol (SRT 501) 是一种天然多酚,具有抗氧化,抗炎,保护心脏和抗癌的特性。 它的靶点广泛,如 mTOR,JAK,β-amyloid。

• CAS号：501-36-0
• 分子式：C₁₄H₁₂O₃
• 分子量：228.243
• 类别：细菌

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：449.1±14.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：253-255°C
• 闪点：222.3±14.7 °C

DC-05

DC-05 是一种 DNMT1 抑制剂,IC50 和 Kd 值分别为 10.3 μM 和 1.09 μM。

• CAS号：890643-16-0
• 分子式：C₂₅H₂₅N₃O
• 分子量：383.486
• 类别：DNA甲基转移酶

• 密度：1.2±0.1 g/cm3
• 沸点：667.5±55.0 °C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：357.5±31.5 °C

Tefinostat

Tefinostat (CHR-2845) 是一种单核细胞/巨噬细胞靶向的 HDAC 广谱抑制剂,通过细胞内酯酶人羧酸酯酶-1 (hCE-1) 切割成活性酸 CHR-2847。具有抗抗单核细胞系白血病活性。

• CAS号：914382-60-8
• 分子式：C₂₈H₃₇N₃O₅
• 分子量：495.61000
• 类别：HDAC

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Bisindolylmaleimide IX (Ro 31-8220 Mesylate)

Ro 31-8220 mesylate 是一种有效的 PKC 抑制剂,抑制 PKCα,PKCβI,PKCβII,PKCγ,PKCε 和大鼠大脑 PKC 的 IC50 值为 5,24,14,27,24 和 23 nM,也可抑制 MAPKAP-K1b,MSK1,S6K1 和 GSK3β,IC50为3,8,15,38 nM。

• CAS号：138489-18-6
• 分子式：C₂₆H₂₇N₅O₅S₂
• 分子量：553.65
• 类别：PKC

• 密度：1.4±0.1 g/cm3
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

HDAC-IN-39

HDAC-IN-39(化合物16c)是一种有效的HDAC抑制剂,IC50值分别为1.07μM(HDAC1)、1.47μM(HDAC2)和2.27μM(HDAC3)。HDAC-IN-39也显著抑制微管聚合。HDAC-IN-39诱导细胞周期阻滞在G2/M期。HDAC-IN-39对耐药癌细胞显示出良好的抗癌活性[1]。

• CAS号：2414046-33-4
• 分子式：C₂₇H₂₆N₄O₄S
• 分子量：502.58
• 类别：细胞凋亡

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

GSK8814

GSK8814 是一种高效、选择性的 ATAD2/2B 溴代苯胺化学探针和抑制剂,结合常数pKd=8.1,在 BROMOscan 中的 pKi=8.9。GSK8814 分别以 7.3 和 4.6 的 pIC50 与 ATAD2 和 BRD4 BD1 结合。GSK8814 对 ATAD2 的选择性是 BRD4 BD1 的 500 倍。

• CAS号：1997369-78-4
• 分子式：C₂₈H₃₅F₂N₅O₃
• 分子量：527.61
• 类别：表观遗传读者域

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

Basroparib

Basroparib是一种有效的聚(ADP核糖)聚合酶(PARP)抑制剂,具有抗肿瘤活性[1]。

• CAS号：1858179-75-5
• 分子式：C₁₈H₂₁F₂N₇O₃
• 分子量：421.40
• 类别：PARP

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

PRMT5-IN-12

PRMT5-IN-12对PRMT5具有显著的抑制活性。

• CAS号：2568927-94-4
• 分子式：C₃₂H₄₀N₄O₄
• 分子量：544.68
• 类别：组蛋白甲基转移酶

• 密度：N/A
• 沸点：N/A
• 熔点：N/A
• 闪点：N/A

(4-氯苯基)[4-(8-硝基-5-喹啉基)-1-哌嗪基]甲酮

SIRT2-IN-8是一种有效的SIRT2抑制剂。SIRT2-IN-8可用于亨廷顿病和帕金森病研究[1]。

• CAS号：115687-05-3
• 分子式：C₂₀H₁₇ClN₄O₃
• 分子量：396.83
• 类别：抗衰老酶

• 密度：1.4±0.1g/cm3
• 沸点：645.5±55.0°C at 760 mmHg
• 熔点：N/A
• 闪点：344.2±31.5°C